宇宙戦闘機を操る少女たちの活躍を描いたSFシミュレーションアドベンチャー『ギャラクシーエンジェル2絶対領域の扉』の続編。
新世界ノイエに起きた騒乱は、エンジェル隊の活躍により無事幕を閉じ、平和で騒がしい日々を送る主人公カズヤ達。
しかし、急速に復興する世界で、次なる争いの火種が蠢動を始めていた…。