満月の夜に第3新東京市を謎の爆撃が襲う。
しかし奇妙なことにネルフは出動を命じられない。
使徒とは違う、別の敵が・・・？
その翌朝、シンジたちのクラスに1人の美少女が転校してくる。
名前は霧島マナ。
彼女は、シンジに急接近を試みる。
ネルフとエヴァの情報をねらうスパイではないかと疑うアスカ。
しかしシンジの心は、マナの率直すぎる行動に揺れ動いていた・・・。