4Dモード／ZEROGモード、2種類のストーリーモードを用意！
●ベイストーリーモード一人プレイ用のアドベンチャー風ゲームモードです。
アニメに登場するキャラクターたちと時には戦い、時には友情を深め、世界チャンピオンを目指すモードです。
・「4Dモード」・・・銀河や竜牙など、4Dのキャラクターたちが登場します。
・「ZEROGモード」・・・ゼロや忍など、ZEROGのキャラクターたちが登場します。
●ベイバトルモード純粋にベイバトルのみを楽しむモードです。
友達を対戦相手として、二人でバトルを楽しむこともできます。
・「データ対戦」・・・ストーリーモードで対戦したキャラクターのデータや、すれちがい通信で入手した他のプレイヤーのデータと対戦します。
一人遊び用のモードです。
・「ワイヤレス対戦」・・・ニンテンドー3DSローカル通信機能を使った二人用対戦モードです。
・「サバイバル」・・・連続してコンピュータとの対戦を行ない、何連勝できるか腕試しをするモードです。
●ベイファクトリーモード各種情報の確認や設定を行います。