Wiiリモコンで狙う・撃つ・探索する。
銀河連邦のネットワークコンピューターに、突如正体不明の汚染が広がった。
召集を受け、連邦の指令会議に赴いたサムスを待ち受けていたのは敵の襲撃と、死んだはずのダークサムスだった…。
●Wiiリモコンを使った新しい操作「狙って撃つ」…ポインターを敵に向けて、Aボタンを押すだけで攻撃が可能です。
「引きはがす」…ヌンチャクを振ることでロープ状のビームを発射し、敵の盾をつかんで引きはがせます。
「ひねる」…Wiiリモコンを動かすと主人公の手も動きます。
レバーをひねると扉が開きます。
「ボタンを押す」…ボタンの番号をWiiリモコンで指して、アクセスコードを入力します。
●探索に使う様々な能力 「変形する」…球場に変形して狭い通路を通り抜けることもできます。
「進化する」…ストーリーを進めていくうちに主人公の装備が強化され、さらなる探索も可能に。
●強力な捨て身の攻撃自分のエネルギーと引き換えに一時的にパワーアップして戦うことができるハイパーモード。