最新技術を使ったファミコンゲーム主人公サムスの内面や人間性が描かれるストーリーと、華麗なアクションが織りなす、新しい「メトロイド」。
ファミコンゲームを遊ぶ感覚をそのままに、Wii リモコンだけで楽しめる3Dアクションゲーム。
十字ボタンと2つのボタンで操作するファミコンスタイル十字ボタンと2つのボタン（1ショット2ジャンプ）でサムスを操作。
同じボタンでも状況に応じて自動的にアクションが切り替わるためシンプルな操作で多彩なアクションが可能になっています。
調べたい場所でポイントすれば、サーチングビューへWiiリモコンを持ちかえ、画面をポイントすれば、サーチングビュー（サムス主観視点）に切り替わります。
通常視点では見えない、隠されたアイテムや抜け道を発見しながら探索を行います。
ストーリー航行中に救難信号をキャッチしたサムスは、それが発せられていた辺境宙域で、廃棄されたはずの巨大施設「ボトルシップ」を発見する。
そこで銀河連邦軍在籍の上官、アダム・マルコビッチと偶然の再会を果たす。
施設内の生存者を捜索するため、アダム率いる部隊と行動を共にすることを決めたサムスは、アダムのブリーフィングを聞きながら、過去のある事件を思い出していた。