現代ホラー小説の原点ともいうべきシリーズ最高傑作がDSで！！
「鍾乳洞」での3Dダンジョン探索 「鍾乳洞」の探索が、本格的な3Dダンジョンとして登場します。
上画面が一人称視点の3Dマップに切り替わり、プレイヤーは鍾乳洞内を前後左右に移動し、自由に行き先を決め探索することが出来ます。
もしもあの時金田一耕助が別の行動をしていたら ゲームならではの要素として、if展開を楽しむことが出来ます。
途中の選択肢で原作とは異なる選択をすることにより、原作にはないストーリーが展開されます。
場合によっては原作以上に悲惨な結末を迎えることも。
充実のやり込み要素 重要語の投げ間違いや、選択肢の選び方によってはBADEND（ゲームオーバー）になることも。
また、BADENDを含め20パターンのエンディングもあり、2週目以降でしか味わえないイベントもあります。
相手との息詰まる推理心理戦「ドラマチックキーワードシステム」 登場人物との会話の中で得られる重要語を、相手もしくは他の登場人物にタッチペンを使い投げかけることで、息詰まる推理心理戦を繰り広げて行きます。
また、投げかけるタイミングや相手によってその後のストーリーが変化しエンディングにも影響します。
捜査を助ける充実した捜査サポートシステム 「新聞」「相関図」「会話履歴」「重要語録」など、充実したサポートシステムを駆使し、捜査に役立てます。
困った時は頭を掻きむしれ「ボリボリシステム」 推理に行き詰まった時はタッチペンで金田一の頭を掻きむしることにより、妙案をひらめくことがあります。
ちょっと息抜きミニゲーム 物語の中で入手出来る新聞には、「クロスワードパズル」と「虫食ひ算」の2種類があります。