2531 年、人類の存亡をかけた『Halo』シリーズの激闘から 20 年前。
壊滅状態となった惑星ハーベストで、地球外種族の軍事同盟 コヴナントの不穏な行動が報告される。
UNSC （国連宇宙司令部） 艦 スピリット オブ ファイアの所属部隊は、その行動の調査のため現地に降りたつ。
そこで目にしたものは、古代文明フォアランナーの遺跡の存在であった。
今、『Halo』 シリーズ激闘の背景が明らかになろうとしている。
己の決断を信じ、あらゆる戦力と戦術を駆使し、この戦いに挑め。